2000年3月24日和5月4日，双塔寺一号塔两次被盗，8月4日公安机关将贩至台湾的塔体追回。文物部门即对寺院进行抢救性发掘，清理出建筑遗址10处，文物标本370余件，又在二号塔内发现西夏文书、藏文佛经、著名的“千岁香包”及文物140多件。这批文物受当初自然环境的破坏较大，且因馆藏条件有限，保存现状很不理想，急需进行抢救性保护。经甘肃省文物局同意，华池县博物馆计划将二号塔出土的西夏文文书、古藏文佛经、佛家彩绘图等60余件纸质文物进行修复保护。

7月27日南京博物院修复中心何伟俊主任带领修复中心朱庆贵、陈思燚两位老师来我馆对双塔寺出土的纸质文物进行了现场采样、拍照及病害初步评估，并在双塔寺实地参观考察。下一步将制定详细的修复计划和保护方案，报上级主管部门审核同意后实施修复。